本发明公开了一种基于扩散理论的河湖底泥污染物通量测试方法及装置，步骤是：A、采集底泥样品；B、将底泥装入实验装置的底座中，使泥面水平；C、沿柱壁缓慢注水至柱口；D、在不加底泥的实验装置中注入自来水；E、静置，持续一定时间；F、测定所取水样的污染物浓度；G、计算上覆水中污染物的降解系数；H、计算底泥水相浓度初值；I、计算水-泥界面的污染物交换通量。底板固定在恒温水箱底部，底座壁设置在底板上，底座壁上部设置有下法兰盘，柱体一端设置有上法兰盘，上法兰盘上设置有上法兰盘固定螺栓法兰孔。本发明方法易行，操作方便，实验装置结构合理、简单，沉积物装样及水样采集等操作均极方便具有显著的经济效益。