截至2015年年末，中国科学院沈阳生态所共有在职职工392人，其中科技人员和科技支撑人员292人，包括研究员及正高级工程技术人员69人，副研究员及高级工程技术人员95人。沈阳生态所拥有国家“万人计划”入选者1人，国家“千人计划”入选者1人，“青年千人计划”1人，中国科学院 “百人计划”入选者12人；国家杰出青年科学基金获得者2人，国家优秀青年基金获得者3人；国家重点基础研究发展计划（973项目）首席科学家2人，青年973项目首席科学家1人；国家级新世纪百千万人才工程入选者4人。此外，沈阳生态所拥有农业部农业科研杰出人才及其创新团队1个，中国科学院创新交叉团队1个。 截至2015年年末，中国科学院沈阳应用生态研究所主要有MAT253同位素质谱仪、Delta plus XP稳定同位素比率质谱仪、Quantum XLS气相色谱-串级质谱联用仪、液相色谱-串级质谱仪TSQ Access Max、电感耦合等离子体光谱仪（ICP-Mass）、Thermo fisher U3000超高效液相色谱仪、Thermo ITQ 1100™ GC/MS离子阱气质联用仪、Picarro 碳同位素分析仪、DELTA plus XP稳定同位素比例质谱仪、MAT253稳定同位素比例质谱仪（双路）、MAT 253 稳定同位素比例质谱仪、紫外可见近红外分光光度计、荧光定量PCR仪、凝胶成像系统、傅立叶红外光谱仪、环境扫描电镜、液相色谱-三重四级杆串联质谱仪、液相色谱质谱联用仪、高效液相色谱仪、气相色谱串联质谱联用仪、气相色谱仪2、离子色谱仪、氨基酸分析仪、原子吸收光谱仪、电感耦合等离子体质谱仪、气相色谱质谱联用仪、稳定同位素比例质谱仪、元素分析仪等仪器设备。 自1954年建所以来，中国科学院沈阳应用生态研究所共获得科技成果510项，其中：国家奖30项，省部级奖188项。据院规划战略局发布的监测数据反馈报告（2010.04）：“与2004年相比，全院及资环组高质量论文整体呈稳步增长，沈阳应用生态所高质量论文呈持续较大增长趋势”。在Journal of Ecology、Global Change Biology、Journal of Geophysical Research、Agriculture & Forest Meteorology、Soil Biology & Biochemistry、Journal of Agricultural & Food Chemistry、Environmental Science & Technology、Geochimica et Cosmochimica Acta等生态、环境和农业领域有重要影响的国际期刊上发文量持续增多。 据中国科学技术信息研究所“中国科技论文统计结果”排名，2008年沈阳生态所在环境科学类SCI论文高产机构排名（含国内大学及研究机构）中位列第14位，MEDLINE收录论文位列国内研究机构的第16位，国内论文数位列全国研究机构的第18位，国内论文被引用次数（3124次）位列全国研究机构的第8位。